home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ PC-SIG: World of Education / PC-SiG's World of Education.iso / wor / disk0935.zip / BIBLIO.DOC next >
Text File  |  1988-01-28  |  10KB  |  253 lines
  1.  
  2.             BIBLIO.EXE
  3.                Version 9/87
  4.  
  5.           A Search and Retrieval Utility 
  6.            for list management.
  7.  
  8.              BIOLIT Inc., #47
  9.               131 NW 4th St.
  10.            Corvallis OR. 97339
  11.       
  12. You are invited to try BIBLIO and to give copies to 
  13. others. Anyone who keeps the program should send $20 to the
  14. address above to avoid copyright infringement and license 
  15. their use of the program.  If they send their address and 
  16. the name of the program registered, registrants will be 
  17. sent free replacement disks if any major 'bugs' are found 
  18. and removed from the program before January 1, 1989 and    
  19. will be offered low-cost updates if significantly enhanced 
  20. versions  are developed. Suggestions for enhancements are 
  21. invited.  
  22.  
  23. NOTE: Another Biolit program, LIST-MGR.EXE, is similar to 
  24. BIBLIO but is more general in its application, being 
  25. intended for use with lists in general. It allows retrieval
  26. of records containing a given phrase, word, or word 
  27. fragment (referred to as a 'phrase') in a designated part  
  28. (field) of the record and retrievals of records containing 
  29. either or both of two field/phrase combinations. It also   
  30. provides the select-on-display, select-all-records, and    
  31. reformatting options of BIBLIO.    
  32.  
  33. When you register BIBLIO, you may request a free  copy of 
  34. LIST-MGR if you enclose a formatted diskette with  
  35. postage-paid mailer or enclose an additional $1.50 for       
  36. diskette and mailing costs.
  37.  
  38.  
  39.        SOME EXAMPLES OF WHAT YOU CAN DO WITH BIBLIO 
  40.  
  41. Using an input list of bibliographic references (records), 
  42. you can generate a new text file containing: 
  43.  
  44. References in which the Author and Title fields have been  
  45. interchanged. 
  46.  
  47. References from which the Keys field, Notes field, and       
  48. field labels have been omitted. 
  49.  
  50. All of the references by a specified author. 
  51.  
  52. Those references by a specified author which also include a
  53. specified key word in the Keys field. 
  54.  
  55. Those references which contain both of two key words in the
  56. Keys field. 
  57.  
  58. Those references which contain both of two text words (in  
  59. the Title, Keys, or Notes fields). 
  60.  
  61.             FIELD LABELS
  62. A general comment concerning the necessity of field labels
  63. (designated characters which mark the beginning of defined
  64. sections of each record) and of record separation is in order. 
  65.  
  66. If a computer is to make selections based on the content
  67. of different records and of different fields within those
  68. records, it must be able to detect where each record and
  69. each field begins and ends.  There are two approaches to
  70. providing the computer with this information:
  71.  
  72. 1) require that each record and each of its component 
  73. fields be of a defined length, with the fields occurring 
  74. in a defined sequence within the record. For example, 
  75. each record can be defined as 6 lines long with the first
  76. line holding the name, the second the street address, etc.
  77.    The disadvantage of this approach is the rigid format 
  78. required for each record, with that required format being 
  79. the same for every record. Furthurmore, the defined maximum 
  80. record size must be set aside in memory for each record, 
  81. whether or not the individual record is that long.
  82.  
  83. 2) allow the different records to differ in length,
  84. in the number of fields contained, and in the sequence 
  85. of fields within the record by using tags to tell the 
  86. computer where each record and field begins and ends.
  87.    The disadvantage of this approach is that field and
  88. record markers must be inserted in the record list.
  89.  
  90. In developing LIST-MGR and BIBLIO, we decided that the
  91. greater flexibility of record format allowed by the second
  92. method outweighed the inconvenience of requiring field 
  93. labels.
  94.  
  95.            WHAT BIBLIO DOES 
  96.  
  97. BIBLIO acts upon a pre-existing text file containing a list
  98. of bibliographic citations, each of which may include up to 5 
  99. labeled fields: Authors (field A), Title (T), Source (S),  
  100. Keywords (K), and Notes (N).  It can accomplish either or  
  101. both of two functions, REFORMATTING and RETRIEVAL. 
  102.  
  103. REFORMATTING:  For multi-field records, the user may select
  104. the fields to be included in the output-file records as    
  105. well as the sequence of fields within the records. 
  106.  
  107. RETRIEVAL: Selected records are extracted from the input   
  108. list and sent to the selected output destination.  Records 
  109. are selected according to one of the following criteria, as
  110. chosen by the user:
  111.  
  112. a) occurrence of a desired search phrase in a specified 
  113. field (field A, T, K, N, or T+K+N); 
  114.  
  115. b) occurrence of both of two field/phrase combinations;
  116.  
  117. c) direct decision when the first part of each record is   
  118. displayed; 
  119.  
  120. d) selection of all records in the input file (useful for
  121. Reformatting). 
  122.  
  123. OUTPUT: Output of the selected records is to screen,
  124. printer, a new disk file, or any combination of these
  125. three destinations.
  126.  
  127.  
  128.  
  129.      FORMAT FOR INPUT RECORD (REFERENCES) FILE: 
  130.  
  131. 1. The pre-existing input file must not exceed 60000 
  132. characters and should be in ASCII text format without 
  133. non-printing control codes (save the file from Word Perfect,
  134. for example, as a DOS text file using Ctrl-F5 or from
  135. Wordstar in non-document format), although in some cases 
  136. input files with non-ASCII characters will be handled 
  137. satisfactorily.
  138.  
  139. 2. Each record must be followed by an empty line. 
  140.  
  141. 3. Any 'empty' line within a single record must contain
  142. at least one character or  space so it will not be
  143. interpreted as an end-of-record signal.
  144.  
  145. 4. The `{`  sign must not occur except as specified below. 
  146.  
  147. 5. Any record may include any or all of 5 labeled fields,  
  148. in any order. Each field must begin at the left margin with
  149. a three-character label: a '{', a letter (A,T,S,K, or N),  
  150. and a space.  Permitted fields and labels are: 
  151.    {A [Author field]  -first line must begin with: `{A ` 
  152.    {T [Title field]  -first line must begin with: `{T ` 
  153.    {S [Source field] -first line must begin with: `{S ` 
  154.    {K [Key words or phrases] -first line begins: `{K ` 
  155.    {N [Notes, abstract, etc.] -first line begins: `{N ` 
  156.  
  157. 6. The number, length, or sequence of fields need not be   
  158. the same for different records. 
  159.  
  160.  
  161.              TECHNIQUE 
  162.  
  163. On-screen instructions should be adequate for your use of  
  164. BIBLIO.  However, the following pointers may be of interest. 
  165.  
  166. SEARCH PHRASES: Search phrases may be words, word       
  167. fragments, or phrases up to 18 characters in length.
  168.  
  169. HOW MANY FIELDS:  There is no need for a given field to    
  170. contain only a single  category of information. The entire 
  171. record can be in a single field, simplifying file       
  172. preparation, if (a) you will not need to change the record 
  173. format for the output file or (b) retrieval is desired no  
  174. matter where within the record your search phrase occurs.  
  175. On the other hand, if you will want to drop or move part of
  176. the record before output, or if some occurrences of the    
  177. search phrase should be ignored, an additional fields will  
  178. be required.  
  179.  
  180. PUNCTUATION:  Punctuation, spacing, and upper/lower case of
  181. search phrases must be the same as in the input file   
  182. for a retrieval to  occur. Judicious selection of search   
  183. phrases will minimize false non-retrievals or false       
  184. retrievals. Examples: if you want retrieval whether or not 
  185. the first letter of a phrase is capitalized, omit that       
  186. first letter from your search phrase.  If you do not want  
  187. retrieval if a word is part of a larger word, include the  
  188. preceding and/or following space. Use all-caps in the       
  189. record when possible (as in Keys and Notes fields) to       
  190. eliminate uncertainty about case for those sections of the 
  191. record.
  192.  
  193. RE-SELECTION:  The number of search phrase/field       
  194. combinations for a given record is not limited to the two  
  195. that can be entered at each pass: if field labels are       
  196. retained in the output file, that output file can then be  
  197. renamed and used as the input file for selection 
  198. of a further sub-set of records. Using this cascade       
  199. technique, simultaneous occurrence of any number of search 
  200. field/phrase combinations may be assured before a record  
  201. is finally selected. 
  202.  
  203.  
  204.             SAMPLE INPUT FILE 
  205.  
  206. The short input file seen below is included on the       
  207. distribution diskette as BIBLIO.REF.  Scan it now to       
  208. identify possible search strategies (e.g., retrieve       
  209. those records containing both CARTIL and PROTEIN SYN in    
  210. field K.  Then type BIBLIO for a trial run of the program. 
  211.  
  212.  
  213.               BIBLIO.REF 
  214.  
  215. {A L.F. Adamson and S.H. Ingbar  
  216. {T Selective Alteration by Triiodothyronine of Amino Acid  
  217.    Transport in Embryonic Bone    
  218. {S Endocrinology, 81 (1967) 1362-1371  
  219. {K AMINO ACID TRANSPORT  THYROID HORMONE  BONE    
  220.   
  221. {A L.F. Adamson, S.G. Langeluttig, and C.S. Anast  
  222. {T Inhibition by Puromycin of Amino Acid Transport by       
  223.    Embryonic Chick Bone  
  224. {S Biochim. Biophys. Acta, 115 (1966) 355-360  
  225. {K PROTEIN SYNTHESIS  PUROMYCIN  AMINO ACID TRANSPORT  BONE
  226.    CARTILAGE  
  227. {N PUROMYCIN INHIBITS AMINO ACID TRANSPORT BY EMBRYONIC    
  228.    CHICK BONE BUT ONLY AFTER A 1-2 HOUR DELAY.    REVERSAL OF
  229.    THE INHIBITION AFTER REMOVAL OF THE PUROMYCIN IS ALSO   
  230.    DELAYED.  THE DELAYS ARE ATTRIBUTED TO THE TIME REQUIRED
  231.    FOR EXHAUSTION OR SYNTHESIS OF TRANSPORT PROTEINS.  
  232.   
  233. {A L.F. Adamson, A.C. Herrington, and J. Bornstein  
  234. {T Evidence for the Selection by the Membrane Transport    
  235.    System of Intracellular or Extracellular Amino Acids for
  236.    Protein Synthesis  
  237. {S Biochim. Biophys. Acta, 282 (1972) 352-365  
  238. {K PROTEIN SYNTHESIS  AMINO ACID TRANSPORT  PUROMYCIN  BONE
  239.    CARTILAGE  
  240. {N ..A COMPLEX FORMED BETWEEN THE AMINO ACID AND THE       
  241.    MEMBRANE TRANSPORT SYSTEM  IS THE SOURCE OF SUBSTRATE   
  242.    FOR PROTEIN SYNTHESIS OR FOR INTRACELLULAR RELEASE.    IN 
  243.    ORDER FOR INTRACELLULAR AMINO ACIDS TO BE INCORPORATED  
  244.    INTO PROTEIN, THEY MUST FIRST BECOME REASSOCIATED WITH  
  245.    THE MEMBRANE, IN COMPETITION WITH EXTRACELLULAR AMINO   
  246.    ACIDS AND AT A SITE EXPOSED TO EXTRACELLULAR MODIFIERS  
  247.    OF AMINO ACID UPTAKE.  
  248.  
  249.  
  250. ION WITH EXTRACELLULAR AMINO   
  251.    ACIDS AND AT A SITE EXPOSED TO EXTRACELLULAR MODIFIERS  
  252.    OF AMINO ACID UPTAKE.  
  253.